农产品加工贮藏与质量控制实验教学中心，由原校级食品加工与质量控制教学实验中心和生物工程教学实验中心于2008年12月重组而成，并于2009年遴选为江苏省高等学校实验教学示范中心。实验中心在实验课程、实验教学体系、虚拟仿真教学资源等方面进行了积极的探素和改革，提出实验课程单独授课，整合和创新实验内容等实验教学的改革措施。整合原有基础实验室和专业实验室，打破实验室和学科界限，按照专业培养方向进行统一规划，通过分步实施、重点建设，搭建了有利于实现贯通式人才培养的实验教学平台。中心实行学校学院两级管理，中心主任负责制，现中心主任由胡冰教授担任。

中心于2024年9月搬迁至南京农业大学滨江校区，占地面积面积约2000多平方米，建设有多条中试生产线（饮料生产线1条、中西式肉制品生产线各1条、2025年预建设创新功能新乳制品生产线1条、2025-2026年预建设酸奶生产线和烘焙制品生产线各1条）。中心有功能性实验室12间（食品化学教学实验室、食品分析教学实验室、食品营养与功能教学实验室、食品营养与健康教学实验室、食品工程教学实验室、食品微生物教学实验室、生物工程教学实验室、发酵工程教学实验室、细胞工程教学实验室、农产品加工工艺教学实验室、畜产品加工工艺教学实验室、农产品贮藏教学实验室。），面向8个专业的本科生和国家重点一级学科食品科学与工程的研究生开设各类实验课程50余门,实验项目数近400余个，年实验人时数超过10万。